Proteinlerin izolasyonu
PROTEİN İZOLASYONU VE KARAKTERİZASYONU, AKRİLAMİD JEL ELEKTROFOREZİ, SDS-PAGE
KOÜ TIP FAKÜLTESİ TIBBİ BİYOLOJİ ANABİLİM DALI DÖNEM I ÖĞRENCİ LABORATUVARI / 3
PROTEİNLERİN İZOLASYONU
Hücre içerisinde bulunan proteinler karakterize edilmeden önce hücrenin dışına, bir sıvı içerisine çıkarılmalıdırlar. Bu sıvı genellikle bir tampon olup proteinlerin fizyolojik özelliklerini koruyabilecekleri bir fiziksel ortam oluşturur. Proteinleri hücre içerisinde tutan hücre zarının kırılmasından sonra oluşan protein ve nükleik asit çözeltisine hücreden arındırılmış lizat (cell-free lysate, CFL) adı verilir. CFL hazırlamak için iki temel metottan faydalanılır.
1. Mekanik lizis
Hücre fiziksel bir güç uygulanarak parçalanır. Bu işlemi yapmak için değişik aletlerden faydalanabilinir. Eğer ökaryotik hücreler ile çalışıyorsak grinderler veya elektrikli blanderları kullanmak uygundur. Eğer bakteri hücreleri ile çalışıyorsak Sonikatörler veya French Press adı verilen enstrümanlardan faydalanılmalıdır. Þeçilecek metod hücrenin elde edildiği kaynağa ve kullanılmak istenen metodun sertlik derecesine göre ayarlanır. Mesela eğer dokudan protein elde etmek isteniliyorsa, grinder veya elektrikli blanderler kullanılmalı, eğer hücre kültüründen elde edilen hücrelerle çalışılacaksa 14 gauge’lık bir iğneden faydalanılmalıdır. Sonikatörler ve French Press genelde bakteri hücrelerini parçalamak amacı ile kullanılırlar. Sonikatörler ses dalgaları ile hücreleri parçalarken, French Press basınç kullanır.